轄區(qū)明嘉靖年間為武康縣的安慶鄉(xiāng)，抗日戰(zhàn)爭時期至解放前名為莫干鄉(xiāng)、莫庾鄉(xiāng)。

1949年5月解放，1950建制為莫干區(qū)莫庾鄉(xiāng)，1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)時，后塢并入，改稱莫干鄉(xiāng)。

1958年10月公社化時與筏頭鄉(xiāng)合并成立莫干山人民公社，下設(shè)5個管理區(qū)，公社境地當(dāng)時為莫干山管理區(qū)。

1959年10月管理區(qū)撤消，1961年5月至1964年7月，原后塢鄉(xiāng)、筏頭鄉(xiāng)先后劃出，另置公社。

1983年10月體制改革時改莫干山鄉(xiāng)人民政府，1994年改制為莫干山鎮(zhèn)，2004年4月5日南路鄉(xiāng)并入莫干山鎮(zhèn)。